Однако как выяснили в MIT, не всегда обращение к биотопливу способно улучшить экологическую ситуацию. Иногда реорганизация сельхозполей под выращивание растений-источников биотопливной массы может возыметь обратный эффект.
Согласно расчётам ученых, если взять выращенное и произведенное биотопливо, которого бы хватило для восполнения 10% требуемой человечеству энергии, это бы привело к локальному потеплению климата в тех регионах, где это биотопливо выращивалось, даже несмотря на то, что биотопливное сырьё менее привередливо в уходе и имеет гораздо более положительный эффект на глобальный климат, чем обычные культуры.
Поэтому замена привычных топливных ресурсов на биотопливные в некоторых случаях создаст новые проблемы для глобального климата, если технологии выращивания сырья не основаны на принципах устойчивого развития. А такой сценарий вполне реален и имеет два пагубных пути – когда для выращивания растений, дающих биотопливо, вырубается лес и когда лес не трогают, выращивая нужные растения на имеющихся возделываемых полях, но увеличивают объем использования не всегда экологически дружелюбных удобрений и расточительную систему полива.
При исполнении обоих типов сценария возможно увеличение выбросов парникового газа СО2, несмотря на то, что некоторый его объём будет поглощаться выращиваемыми зелеными источниками топлива и позднее восполнится отказом от вредных видов топлива. Первый сценарий с вырубкой лесов особенно губителен для тропиков, второй опасен для любого региона, так как удобрения представляют угрозу для пресных водоёмов и общего состояния экологии.
Кроме всего прочего, переорганизация сельхозполей будет влиять на выращивание продовольственных культур и цены на них (рост цен до 80%). Для некоторых регионов такая смена ассортимента может быть не очень выгодной. Поэтому принимая решение о внедрении биотоплива, исследователи из МИТ советуют просчитать все экологические риски и чётко прогнозировать негативные последствия технологий выращивания и переработки.
